In den 1960er Jahren wurden von Kevin V Flannery 60 Höhlen gefunden, die als besondere Beweise des Übergangs vom nomadischen Leben zum teilweise sesshaften dienen.
Die prähistorischen Höhlen wurden bis vor etwa 10 000 Jahren von Nomaden als Behausungen genutzt. Jedoch sind von diesen 60 Höhlen nur drei nutzbar, um Beweise zu liefern. Diese sind Guilá Naquitz, Cueva Blanca und Gheo Shih, denn sie zeigen botanische Überreste. In Oaxaca fand man Beweise der Landwirtschaft in der Zeit zwischen 8 900 und 2 000 v.Chr. in vier Phasen unterteilt.
Aus der Naquitz Phase ( 8 900–6 700 v. Chr. ) fand man Beweise für lokale Pflanzen, wie Kürbisse, Bohnen und Mais. Ein offenes Lager mit saisonalem und temporärem Einsatz wurde aus der 2. Phase, der Jicaras Phase ( 5 000–4 000 v. Chr.), gefunden.
Dauerhafte Siedlungen mit Projektilfunden ergaben sich erst in der 3. und der 4. Phase, den sogenannten Blanca Phasen (3 300–2 800 v.Chr.). Alles in allem zeigen diese Höhlen den Übergang zur Sesshaftigkeit der Nomaden.
Zu sehen gibt es eine gigantische Kulturlandschaft mit Höhlen und Hütten, von denen manche mit prähistorischen Funden und Beweisen ausgestattet sind. Die Guilá Naquitz Höhle zeigt gut erhaltene botanische Beweise für Flaschenkürbisse, Bohnen und die ältesten bekannten Maiskolben. Zwei weitere zeigen Rückstände von Tieren und Steinwerkzeugen, sowie Sommerressourcen von Obst und kleinen Säugetieren. Durch das Gesamtbild kann man sehr gut nachvollziehen, wie der Entwicklung zur Sesshaftigkeit ihren Lauf genommen hat.
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